Si, sono due cose differenti. Il problema che hai trattato fino ad oggi serve per scrivere il bootloader su un ATmega. Il bootloader consente di poter caricare lo skecth direttamente sull'atmega senza dover passare utilizzare altro hw. Il guadagno di questa funzionalità comporta la perdita di 0.5Kb (dimensione del bootloader).
Se invece si vuol risparmiare tale spazio bisogna scrivere lo sketch direttamente sull'ATmega bypassando quindi l'opzione offerta dal bootloader. Ovviamente su un ATmega328 l'esigenza e' minima in quanto si hanno 32Kb di memoria, ma su alcuni ATmega lo spazio a disposizione è minore e quel mezzo KB può essere importante!!
Per poter scrivere su un ATmega senza passare dal bootloader, ci vuole un programmatore ISP che faccia da tramite poichè si perdono i benefici del bootloader. In fondo e' la stessa ragione per cui non è possibile scrivere il bootloader su un ATmega vergine direttamente, senza ricorrere ad un programmatore ISP.
E' una opportunità in più, poi le esigenze di ognuno renderanno più conveniente l'uso del primo o del secondo metodo!