Welche OS X Version hast Du denn?
Bei 10.7. ist es z.B. möglich das System einfach "drüberzubügeln" und dabei Programme, Dateien und Einstellungen wie z.B. Lesezeichen unangetastet zu lassen.
Wenn ich mich richtig erinnere, muss man beim Hochfahren des Systems cmd-R gedrückt halten.
Anschließend das System neu installieren (ohne die Platte mit dem Festplattendienstprogramm erneut gelöscht/formatiert zu haben).
Vorher natürlich ein Backup der kompletten Platte machen.
Gruß Chris