Dies kann ich bestätigen 
Habe mal auch einen Atmega 8 genommen und ihn auf den Arduino gesteckt. Dann ein Blink-Programm mit AtmelStudio geschrieben und über ISP in den Arduino gespielt.
Es gibt dort kein Bootloader. Das Blinkprogramm beginnt sehr zeitnah mit der Abarbeitung des Programmes. Ich bin derzeit sowieso ziemlich hin und hergerissen. Benutze ich Arduino IDE mit dem Bootloader, dann kann ich ohne ISP fast an jedem PC Programme uploaden. Wenn ich einen ISP besitze kann ich die volle Speichermenge des Atmel Controllers ausnutzen.
Nun habe ich doch direkt mal noch eine Frage ;): Wenn ich ein Programm in der Arduino IDE schreibe, dann das Hexfile mittels Atmelstudio in einen Controller schreibe, funktioniert das Programm dann auch ? Oder sind einige Funktionen vom Bootloader abhängig ?
Inwiefern hat der Bootloader mit dem Code zu tun ?