Eu diria que as placas do Arduino pecam um pouco em termos de qualidade no que toca ao desenho.
Essas da Seeedstudio têm uns pormenores interessantes... como por exemplo, desactivar o auto-reset com um botão... ou um botão de reset no lado da placa em vez do meio (onde não consegues aceder com um shield).
Outra muito interessante é esta: OLIMEXINO-328 - Open Source Hardware Board
No entanto, o problema está que esta última não dá para meter alguns shields. 