Se você usar um RTC que possua um pino de interrupção, pode programar o RTC para resetar o Arduino. eu fiz isto com um DS1337+ e funcionou perfeitamente bem.
Basta ligar o DS1337+ no RST do Arduino, e, quando desejar, programar o DS1337+ para resetá-lo. Se desejar, isto pode acontecer de forma pré-programada (por exemplo, todos os dias à meia-noite), ou dali a alguns segundos, millisegundos, etc. Como o DS1337+ pode trabalhar com alimentação externa, independente do Arduino, o arduino resetando não irá atrapalhar seu funcionamento.
Eu fiz isto de forma apenas experimental, em uma proboboard, e funcionou.
Outros ICs de RTC podem funcionar igualmente bem.