ATMEGA644 in standalone non parte con alimentazione esterna

sì, nient'altro, la serie 1N400x (l'ultima cifra indica solo la tensione di lavoro) è rappresentata da diodi raddrizzatori normali ed ha una caduta di tensione media di 0,6-0,7V; il l'1N5819 è un diodo veloce scottky, la caduta di tensione caratteristica è di circa 0,2-0,3V; così se al posto del 4004 metti in uscita (ma SOLO lì!) un 5819 recuperi circa 0,3-0,4V