Leonardo und avrdude

Du kannst Dir in der IDE ja anzeigen lassen, welche Kommandos die IDE ausführt. Wenn Du das selbe machst, sollte auch das Resultat identisch sein. Für mich tönt es ein wenig nach einem fehlenden Reset des Leonardos, aber so ganz schlau werde ich nicht aus Deinen Ausführungen. Da Du von Port und Geräte-Manager schreibst, gehe ich von einer Windows-Umgebung aus. Ist das richtig?
Poste Deinen avrdude-Aufruf!