Ich nehme normalerweise Linux, Kate, AVRDude, ein Make oder Sconstrcut File (früher eher make, jetzt eher scons), git sowie ein kleines Python Program für die serielle Schnittstelle. Geflasht wird je nach Laune mit dem Bootloader oder einem AVR ISP MK II. Genauer: kleine Projekte eher Bootloader, große eher MKII weil das schneller hochlädt.
Achso: und Backups mache ich per kleinem Shell Skript bzw. seit Terrabyte Platten so schnell und billig sind mit dd.
Das ist nicht ganz so einfach aufzusetzen, wie die IDE für mich aber deutlich effizienter.
Aber: die Toolchain optimieren kostet nur einmal Zeit. Wenn ich mir anschaue wieviele "compile deploy run" roundtrips ich habe und wieviel Zeit ich jedesmal spare, dann ist das für mich auf jeden Fall sinnvoll.
Eclipse könnte man auch nehmen, finde ich für meine Projekte eher übergewichtig.
Udo