Antes de mais parabéns pelo desenvolvimento.
Para usar isto nos ATmega168 ou 328, temos de desactivar o cristal externo de 16MHz e usar o cristal interno, ainda não vi exactamente como fazer isso com a IDE do Arduino, mas é possível de fazer
Para fazer isto tens de mexer nos bit fuses podes usar este online calculator para isso.AVR® Fuse Calculator – The Engbedded Blog
No forum do Nick Gammon tambem tem um bom tuturial para isso.
Pelo que percebi o que tu concebeste foi ligar o oscilador interno do microcontrolador para o seu proprio clock e usar a entrada desactivada por consequência para la ligar o cristal de 32768 Hz fazendo um contador interno de 16 bits para dar 1 Segundo e assim o RTC?
Hoje chegou o meu Saleae Logic, nao tenho nenhum cristal de 32768 mas certamente poderei arranjar um e teria todo o gosto em testar isso no logic.
Posta a biblioteca que faço uns prints assim que arranjar o cristal