Hey,
uwefed hat wohl recht.
Nur weil viele Bausteine ähnlich sind, bedeutet es nicht gleich, dass diese auch das gleiche machen.
Am besten ist du lernst erstmal wie das alles so funktiniert. Arduino ist da eher nicht geeignet weil
Arduino sehr sehr einfach ist.
Die AVR Microcontroller sind bestens geeignet und nicht teuer. Ausserdem sind die AVR's auch im
Arduino verbaut 
Als erstes brauchst du nen Programmer mit dem du den Microcontroller von Atmel programmieren kannst.
Die Arduinos haben im Grunde keinen Programmer. Die programmieren sich selber durch einen Bootloader.
Die Daten werden über die UART Schnitstelle gesendet und der Bootloader beschreibt die Daten dann in
den Flashspeicher des AVR's.
Mit einem Programmer kannst du auch die Arduinos beschreiben. Allerdings löscht du dann den Bootloader was aber icht schlimm ist.
Dann benutzt du halt den Programmer oder du schreibst den Bootloader wieder auf den AVR um den dann wieder über UART
zu Programmieren. Die bootloader sind in der Arduino Software dabei.
Son Programmer kannst du bei Ebay für ca. 16,-€ kaufen oder selbst bauen. Selbst bauen ist natülich besser für dich. Dadurch lernst du viel mehr.
Es gibt viele Programmer die über den Parallel Port, Serial Port oder USB funktionieren. Ich kann dir da die USB Variante empfehlen weil du
dann gleich ne Stronquelle hast.
Einen Programmer zum selber bauen findest du bei "www.UlrichRadig.de :: Microcontroller and more! - USB Atmel ISP Programmer".
Leider brauchst du dafür einen schon beschriebenen ATmega8. Denn kann ich dir aber auch geben. Dann musst du nur den Programmer
zusammen bauen. Kaufst dir ne Lochrasterplatine die Bauteile und nen Lötkolben, den du sowieso brauchst.
Wenn du deinen Programmer hast, dann brauchst du nur noch ein AVR mit Grundschaltung.
Hier findest du im Grunde ne sehr gute Anleitung "AVR-Einstieg leicht gemacht – RN-Wissen.de". Nur der Programmer ist
nicht gut. Der könnte auch deinen PC Port kaputt machen wenn du was falsch machst.
Jetzt brauchst du nur noch ne "Programmiersprache" um deinen AVR zu programmieren
Arduino ist da schon nicht schlecht aber ich würde dir für den Anfang BASCOM empfehlen. Es gibt ne Demo mit der du max 4kb programmieren kannst
und das reicht für den Anfang. Mit BASCOM lernst du auch wie du die FuseBits setzten kannst. Das sollstest du eigendlich auch lernen.
Und mit BASCOM kannst du sogut wie alle AVR's programmieren ;D
Am besten währe natürlich Assembler. Aber Assembler ist echt nicht ganz einfach. Mit Assembler hast du sozusagen die volle Kontrolle 
Aber es ist sehr sehr schwer...
Wenn dir die Grundschaltung zu blöd ist, kannst du auch ein Arduinoboard nehmen. Das lässt sich auch mit BASCOM und nen eigenen Programmer
benutzen.
Wenn dir das zu viel ist dann kauf dir ein Arduinoboard und benutze die Arduinosoftware. Ich bin auch umgestiegen weil einfach und
schneller geht
Mach es dir nicht zu einfach...
lg