Beh, devi anche pensare che sull'Atmega1284 i tagli di memoria riservabili per il bootloader sono 1024/2048/4096/8192 (parlo di byte, non di word) mentre sull'Atmega328 sono 512/1024/2048/4096. Quindi anche con l'Optiboot sui 1284 meno di 1K non si può proteggere.
ciò che dice Astro conferma i miei dubbi di sempre, sulle temporizzazioni del "dialogo" e ulteriore conferma è che comunque in ogni situazione il tuo 1284 si comporta meglio dei miei :~ Invece non capisco questa cosa della velocità, da sempre io non ho mai fatto caso a questo parametro, più che convinto che venisse bellamente ignorato ed anche in questo frangente ho usato la board di mighty con bootloader 16MHz e ora vedo che il parametro è 115200; poi tu stai parlando di "bootloader standard", ma ti stai riferendo alla versione presente nella cartella "standard"? perché io invece sto usando quello della cartella optiboot, così come previsto dalla board.
Se apri il pacchetto mightyhome trovi dentro alla cartella /bootloaders 2 ulteriori cartelle: optiboot e standard.
In optiboot c'è il bootloader Optiboot 4.5 modificato da maniacbug, mentre in standard c'è il bootloader derivato da quello della vecchia 2009.
Se vedi bene nel file boards.txt contenuto nel pacchetto mightyhome, la scheda "Original Mighty" usa il bootloader "standard" mentre sia la Mighty 1284 che la Bobduino usando il bootloader "optiboot".
Attento quindi a quello che hai usato.