QuercusPetraea:
Appena ho un po' di tempo provo con avrdude, che sembra possa vedere AVRDragon, con l-opzione -D che disabilita l'auto-erase e senza bootloader.
Probabilmente devi usare dei driver diversi da quelli presenti in AvrStudio esattamente come succede con l'Avrisp MKII, con i driver standard non si può usare da Arduino perché Avrdude non lo vede.