Io metterei una R per led. Mettendoli in parallelo con una sola R, se te ne salta uno ti si bruciano anche gli altri.
Inoltre potresti pensare di pilotare i led usando un MAX7219. Questo integrato può pilotare fino a 16 led in pwm. Inoltre multiplexa le uscite per cui il consumo di corrente è minore rispetto ad accenderli tutti insieme.
Comunque non mettere troppa carne al fuoco tutta insieme. Intanto inizia a sistemare la matrice di led, al resto pensa dopo