Comunicazione seriale tra due microcontrollori ..

Esatto

poi ... la comunicazione consiste nella richiesta del contenuto di alcuni byte nella eeprom del 644, che il 328 dovrebbe richiedere appunto al 644, e nell'impostazione del contenuto di alcune viariabili .

.. che voi sappiate esiste già, di uso libero, un protocollo facilmente adattabile a questi usi?..
o mi consigliate di riscriverlo tutto?

Mah... scomodare una intera libreria per farsi spedire dei byte mi pare un po' uno spreco di risorse.
Fai la richiesta, il 644 la riceve e spedisce i dati nel formato che vuoi tu: 1 byte, diversi byte uno dietro l'altro, ecc.

comunque se dovessi scriverlo, questo protocollo via seriale, doveri usare gli interrupt per avvisare il micro destinatario che cè una richiesta, o una disposizione nella seriale?... giusto per non lasciarlo sempre in lettura sulla seriale???...

La SoftwareSerial riceve i dati in background e li immagazzina in un buffer di ricezione. Il tuo sketch basta che controlli periodicamente che sia arrivato qualcosa e, ne caso, evada la richiesta.

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