Michele.
Ti allego 2 bootloader per il 1284 derivati dall'Optiboot 4.5 di maniacbug.
Uno è compilato per avere un timeout di 2s, l'altro è compilato per avere in più anche la velocità ridotta a 57600.
Provali entrambi: per il primo basta sostituirlo a quello che già hai, mentre per il secondo devi anche modificare la relativa voce nel file boards.txt, per capire se il tuo è un problema di tempi e/o di velocità.