La tecnica più rapida e sempre valida quando succedono queste cose è:
Compri un altro arduino, quando è nuovo tramite ISP leggi tutti i 16k del mega16u2 e i suoi fuse e salvi in un file, il firmware non è protetto ,
la stessa cosa la fai con i 32k del mega328 sempre in ISP, quando qualcosa si impalla riscrivi tutto, si faceva così 15 anni fà e si fà così anche oggi, per ripristinare una scheda bloccata ci vogliono 1 - 2 minuti