Si puedes programar la aplicación para controlar las máquinas a través de direcciones IP, entonces, ni siquiera es necesario el Arduino conectado al PC, puesto que lo que necesitas es enviar los datos desde el PC a las máquinas a través de la red cableada/wifi de la empresa y que los módulos conectados a las máquinas se conecten a esa misma red.
PC <--> Red de la empresa (Ethernet/Wifi) <--> Arduino <--> Máquina
Es un concepto distinto al que habías planteado de sustituir los PCs y cables USB.