Timer 1 usato due volte in modi diversi

ekjk:
Io c'è l'ho l'oscilloscopio...infatti verifico queste cose.
Non c'è un modo per imbrogliare il timer?

Io vorrei che si fermasse...Nella modalità count normale quando va in overflow che succede? Chiama una routine e poi riparte?

Come detto, se lo fermi e lo riattivi, passa un certo lasso di tempo.
Quando il timer manda in overflow il suo contatore, questo semplicemente riparte da zero. Viene chiamata una ISR se è stato attivato il flag per sollevare il corrispondente interrupt.

Non potresti semplicemente salvare il valore del contatore e poi reinserircelo quando ti serve far ripartire il conteggio?