@ Animbius;
Por lo que dices la deducción más lógica es que tengas un problema mecánico o electrónico, vamos por partes:
Dices que los cuadrados salen perfectos, para los cuadrados no intervienen a la vez los ejes Y y X a la vez, ni tan siquiera cuando llegan a las esquinas, ya que se detiene uno y empieza el otro.
El problema es cuando trabajan los dos ejes a la vez ( el X y el Y )y dices a que en lugar de circulo sale un elipse, creo que todo apunta a una perdida de pasos en los motores.
Si te fijas en cual de los dos ejes trabaja mal encontrarás la respuesta, el eje que trabaja mal es el que en lugar de curva realiza un arco.
Fíjate en cual de los dos se calienta más, eso querrá decir que trabaja en condiciones más forzadas por tener desalineamiento o bien de la varilla métrica o de su acople.
Repasa las condiciones mecánicas en las que trabajan los ejes para que al menos sean iguales.
En la parte electrónica es más complicado ya que dices que utilizas motores de impresora reciclados, son los mismos motores???? del mismo voltaje???
Teóricamente deberían de moverse al recibir la instrucción, pero, a saber como les repercute la carga de trabajo a cada uno después de energizarse, pueden estar recibiendo más voltaje del necesario, produciendo sobrecalentamiento en unos más que en otros.Te diría que todo apunta a perdida de pasos en algún motor más que en otro, en concreto dices que en el eje X.
Es una idea, a ver si acertamos.
Para colgar fotografías yo clico en Additional Options y en examinar encontrarás la carpeta del disco duro donde tienes la foto, la clicas y ya está, en caso de querer subir más fotos pues ( more attachments ) 
Un saludo