Esatto, io le uso normalmente per conteggi di certe frequenze tramite interrupt.
Probabilmente Leo li disabilita in modo che non creino in qualche modo qualche disturbo o perchè quei valori vanno settati a interrupt spenti.
Vediamo cosa scriverà Leo... 
Se riesco liberare il mio Mega avrei la curiosità di fare qualche prova anche io... vediamo questa sera se riesco..