Bueno pues vamos a resolver algunas de las dudas que te han surgido.
Yo pondría los desacoplos en las líneas de alimentación usando unos tántalos de 0,1uF, no son muy grandes y funcionan relativamente bien. Si no te caben los que son un poco más grandes (10uF), mínimo intenta buscar unos tántalos de 0,33uF o 1uF (estos cuestan unos 0,30€ la unidad). Lo que no quitaría jamás son los desacoplos.
El único que puedes quitar es el de AREF si no tienes intención de usar una referencia analógica externa y si la usas debes tener en cuenta que las lecturas te van a bailar más que John Travolta en Fiebre del Sábado noche (lo siento el símil es de mi época).
Yo limitaría con un PTC de 200mA en todo el rango de alimentación. La gracia que tiene el PTC es que si le pides más de la cuenta al chisme va a cortar por lo sano. Creo que sería interesante, simplemente. Con 200mA puedes hacer muchas cosas y si vas a conectar un motor o cosas que consuman mucho, nunca deberían ir a través del regulador.
Aquí te dejo alguna imagen de las cosas a las que me refiero con 45º.
