@fm, , gracias por explicarlo tan detalladamente, para los que somos duros de mollera y llevamos cuatro días en esto de la electrónica eres una bendición ( esto último me suena a canción de Marco Antonio 
)
Pues visto lo visto casi que me espero a ver lo resultados de tu vinciduino EVO CNC, que gran idea por cierto, a ver si somos legiones los que la fabricamos.
Cuando te preguntaba que software utilizarías me refería a si cargarías precisamente sobre linux, ubuntu con todas las aplicaciones que describe Inizul en su web ( gambas2 + txapuzasCNC_TX + inkscape con su gdcodecs ) a mi en las simulaciones me funciona bastante bien , no se después que comportamiento tendrá en tiempo real, pero visto lo vídeos que ha colgado no parece que vayan mal del todo.
De cualquier forma me estoy haciendo bastante rápido con inkscape y su generador de ficheros gcode.
La alternativa al programa de control de la CNC sería Mach3, no?, lo digo por lo que tengo leído en foros como CNCzone.
Un saludo