Il tipo di corto a cui ti riferisci potrebbe aver causato danno al controller USB più che alla Luigino, quei 4 pin sono a monte di qualsiasi altro componente, anche se ora non ho sottomano lo schema elettrico, ma a questo può rispondere con certezza Astro. Ma secondo me non hai causato alcun danno in quanto basta aprire il serial monitor e tutto funziona.
Puoi fare un'altra prova? Invece del Serial Monitor prova a premere il tastino di RESEt e vedi se riparte lo stesso.
Il dubbio che è venuto a tutti è che tu abbia sostituito il bootloader del micro della Luigino o, nelle varie prove alla fine tu abbia lasciato su Luigino un micro con un bootloader della UNO (versione 0022)
Se vuoi localizzare il condensatore sul RESET devi scaricare lo schema elettrico e vedere com'è siglato, ma hai le necessarie competenze e strumentazioni per misura e sostituzione?
@ Leo: se ricordi è lo stesso problema che mi ha costretto a mettere il bl 2009 sul micro del mio Programmatore HV, in stand-alone non ne voleva sapere di partire; però credo sia la prima volta che Astro dà questa spiegazione, diversamente forse si poteva tentare qualcosa (?)