A mi me pasa algo parecido, cuando uso un sensor IMU (GY-521 o Flyduino) conectado a la arduino uno y Processing leyendo los datos serie para graficar. Funciona bien a la primera pero luego de detener el skecth de processing y volver a ejecutarlo ya no lee, tira el error de puerto serie en uso y lo mismo hace el IDE de arduino si quiero cargar un nuevo sketch.
No me queda otra que reiniciar y esto solo me pasa en el portátil con windows 8 pero no en las pc con windows 7.
Seguiré buscando...