Que raro lo que comentas porque todo encoder suele tener optoacopladores, de manera que nos dices que del lado de la salida de éstos, tienes ruido? Eso me dice que tu problema esta en la fuente de alimentación con el que lo alimentas.
Coloca un voltimetro/multímetro en modo AC y mide sobre bornes positivo y negativo la tensión presente.
Expresala en la unidad que mejor te permita leerlo. Volts, mV.
Si son cientos de mV es que tienes ruido. Si son pocos mV estoy equivocado con la fuente.