Effettivamente cliccando su "Carica" lo sketch spedito comunque al chip.
La questione di "Carica con un programmatore" era venuta fuori con l'uscita dell'IDE 1.0 che se cliccavi su "Carica" non funzionava.
Dalla 1.0.1 in poi lo sketch lo puoi spedire nuovamente con entrambe le soluzioni.