Sicuro che la pompa abbia un motore brushless ??? di solito hanno dei brushedd, nel primo coso ti conviene prendere un controller già pronto perchè con arduino UNO o MEGA non puoi fartelo da te a meno che non usi un controller da modellismo e con arduino lo piloti... nel secondo caso ti serve un Mosfet adeguato e con le adeguate resistenze e/o driver.
Aspetto chiarimenti 