Non so come funziona il fine corsa di questi motori, bisognerebbe capire cosa interrompe la corrente al motore, se è un relé è facile che sia lui a generare il casino.
La prova da fare è capire se il disturbo arriva ad Arduino via alimentazione e cioè se viene scaricato sulla rete e se rientra tramite lo switching da 12 V, quindi dovresti usare al posto dell'alimentatore una batteria 12V con capacità adeguata e vedere cosa succede.
L'altra prova che puoi fare è usare un alimentatore completamente separato e collegarlo mediante una prolunga in un punto distante dal motore della veneziana.
Purtroppo il fatto, se ho ben capito, che tu abbia realizzato uno stampato unico per l'alimentatore 220->12 e per l'SSR favorisce questo scambio di casini