Hängen am gleichen 230V Netz, Heizung direkt und der Mega eben über ein 9V Netzteil.
Oh, ich dachte der Zünder wird von Niederspannung gespeist.
Hole doch einfach mal dein Oszilloskop, von hinter dem Schuhschrank hervor, und kontrolliere mal, ob da Spikes bei der Zündung sind ( war Spaß 
)
Vielleicht hilft ein 230V~ Netzfilter vor dem Arduino ( Ziemlich teuer ).
Aber zuerst würde ich wie gesagt, einen Elektrolyt-Kondensator ( Elko ), parallel zur Spannungs-Versorgung des Arduino probieren.
Ich nehme an, du hast den Arduino an einem Stecker-Netzteil. Liefert das Netzteil Gleichspannung ( = ) oder Wechselspannung ( ~ ) ?
Stecker-Netzteile ( für Gleichspannung ) haben von Haus aus ziemlich kleine Elkos verbaut, Wechselspannungs-Netzteile haben von Natur aus gar keine.
MfG