ayuda funcion seek()

Buenas,
yo tengo un archivo de texto con una cantidad de líneas que leo como caracteres,cada línea puede variar su tamaño.
No he creado ningun array de posiciones puesto que en ocasiones el número de líneas es muy grande.
Lo que intento hacer en mi programa es una comparación de datos entre una línea y otra y según el resultado apuntar a una u otra.Es aquí donde no encuentro la solución, como puedo pasar de líneas con el puntero???