Zelf gebruik ik al 'n tijd RXTX tesamen met de arduino driver (bjigeleverd bij de IDE); w.b. Java, is 't gewoon 'n USBx port openen, baudrate etc. instellen en babbelen maar 
Vanzelfsprekend moet de arduino de binnenkomende bytes begrijpen en de juiste commandos uitvoeren (bijv. sensorwaarden naar de Serial bus schrijven). Hier haal ik de RXTX spullen vandaan: http://guides.machinescience.org/mod/forum/discuss.php?d=263
vriendelijke groet,
Jos