Anche io utilizzo correttamente eclipse da tempo per programmare arduino, e sinceramente molti problemi notificati da voi non li ho avuti.
Tempo fà, almeno un paio di mesi fà, seguivo la cosa in un altro post, molto interessante, dove mi ero offerto di aiutare quanti avessero riscontrato problemi nella messa in opera del tutto.
Se serve qualcosa sono disponibile, ma solo per installazioni di Eclipse su windows.
Saluti.