Guarda prova a cambiare approccio: potresti programmarlo usando avrdure-gui :
http://www.geocities.jp/arduino_diecimila/bootloader/index_en.html
qui invece al posto di bruciare il bootloader ci metti lo schetk come hex ,che ottieni mentre lo compili premendo shift, mentre poi setti i fuses come vuoi
Spero di aver aiutato niko