Complimenti, bel progetto 
butto lì due idee..
per sentire la presenza o meno della scatola, si potrebbero usare più fotoresistenze in serie per avere un effetto sensibile più "diffuso" posizionandole a dovre (io ne metterei 5 per slot), essendo un componente abbastanza lowcost si potrebbe abbondare ed è anche semplice da interfacciare.
anche usare i led non sarebbe male, visto che potreste usarli come segnalazione e come sensore allo stesso tempo, (es. LED Sensing)
vedo che non hai usato la libreria TimeAlarm, come mai?
ref: http://arduino.cc/forum/index.php/topic,37693.0.html
fra l'altro la libreria prevede già di essere usata insieme ad un rtc e funziona in coppia con la libreria Time che già usi.