Come detto, sono 2 schede diverse. Se vuoi avere tanti più pin rispetto alla UNO ma mantenere la compatibilità con la maggior parte degli shield e del codice in circolazione, devi prendere la MEGA.
Se hai bisogno di più potenza di calcolo, allora ti serve la DUE. Considera ad esempio che i pin della DUE possono fornire sono qualche milliampere di corrente, e poi lavori a 3,3V per cui ciò che fai ora con la UNO non lo fai con la nuova scheda.
EDIT:
post contemporaneo