Bene, bene, partiamo dalla programmazione seriale, i collegamenti da fare sono: (premesso che il 644 deve essere configurato con quarzo e condensatori e R da 10K tra reset [pin 9] e 5V, per la frequenza a cui l'hai programmato)
TX convertitore al pin 14 del 644
RX convertitore al pin 15 del 644
5V covertitore ai pin 10 e 30 del 644
GND del convertitore ai pin 11 e 31 del 644
RESET/DTR/RST/RTS del convertitore (è sempre lo stesso pin, non so come si chiama sul tuo) ad un C da 100nF, l'altro capo del C da 100nF al pin 9 del 644
In caso di insuccesso puoi bypassare il C da 100nF, ma in genere serve
- è giusto quanto sopra, sulle possibili cause del malfunzionamento?
- esiste un metodo certo per verificare la presenza del bootloader nel micro?
sì alla prima domanda, segui le mie istruzioni per la prova; no alla seconda domanda, o meglio temo che la cosa sia abbastanza complessa, però se la procedura di caricamento è andata a buon fine stai tranquillo che il bl c'è 
- i pin utilizzati per l'ISP (MISO, MOSI, SCK) .. opsso comunque utilizzarli, durante il normale funzionamento , come pin di OUT/IN ???
sì, senza alcuna limitazione, invece devi stare attento a che siano completamente liberi quando decidi di riprogrammare il micro; ma se l'ISP lo usi solo per il bl in seguito non ti serviranno più.
... comunque confermo che il 644 sta funzionando regolarmente programmato con l'ISP, con il 30 % di script già "tradotto" per il 644 .. e sono già soddisfatto ....
certamente mi sono perso qualcosa, perché non capisco questa frase 