Hola yo tuve un problema similar, me mandaba ese mensaje de error y busque por ahi y todo el mundo parecia apuntar al mismo problema: la CPU falla al intentar resetear la placa. Me ha parecido leerte que tienes dos placas distintas fijate si cuando intentas actualizar el programa en una y en otra el parpadeo de los leds es igual, si no lo es y alguno se queda fijo este es el problema.
Por lo que vi por ahi tienes varias formas de intentar solucionar el problema. La mas sencilla es mandar un nuevo programa a la placa mientras tienes pulsado el boton de reset, una vez que en el programa de arduino te aparece el mensaje que te dice: "Binary sketch size: XXXX bytes (of a XXXXX byte maximum)" sueltas el reset y a ver si carga asi (lo que estamos haciendo es obligandoles nosotros mismos a que se resetee)
A mi no me funciono esta solucion asi que pase a la siguiente reistalarle el gestor de arranque http://arduino.cc/es/Hacking/Bootloader aqui puedes ver como hacerlo y si tienes dos placas incluso podrias utilizar la placa buena para grabarlo http://arduino.cc/es/Tutorial/ArduinoISP. A mi este metodo es el que me funciono y ahora tan contento jejejeje
Espero que te sirva