Ciao,
il piedino IOREF è stato introdotto proprio per avere la possibilità di avere degli shield che possono funzionare sia a 5V che a 3.3V, così sono intercambiabili tra la Due e le altre schede che montano AVR.
Quindi tutti gli shield con quel piedino funzionano con la due, gli altri in linea di massima no.
Il pulsante di erase serve solo in caso di emergenza. Per caricare un nuovo sketch nella flash del SAM3X bisogna prima passare dal bootloader (come per le altre Arduino basate su AVR), che però è su una ROM e viene attivato solo quando la memoria flash viene cancellata o si setta un registro dedicato.
Per cui il tasto erase ti garantische che se qualcosa dovesse andare storto con entrambe due procedure automatiche sulle due porte, in ogni caso puoi abilitare il bootloader anche manualmente.
Sappi che la porta nativa applica la procedura di erase via software, reimpostando il registro dedicato, mentre la porta di programmazione agisce direttamente sul piedino di erase, proprio come fa il pulsante.