Cara, o sucesso do Arduino está na facilidade de manipular a plaquinha e a sua facil integração com a IDE, ele é muito acessível para todo mundo. Eu até acho que outras opções podem ser melhores (dependendo do aspecto), mas nem creio que seja essa a pretensão do Arduino. De qualquer forma ele atraiu muita gente para essa área.
Enfim, não me importaria em colocar uns ifdefs e deixar as classes compatíveis com AVR não. Por onde começo? Preciso comprar gravadores ou coisas assim? 