A mi me pasaban esas cosas cuando por primera vez probe hacer algun dibujo poniendo un lapiz en el eje Z. Como no estaba bien sujeto, tenia holgura, y al llegar al final del proceso, no cerraba por un pelo.
Supongo que si por ejemplo haces un cuadrado, tampoco te lo cerrara.
Verifica los resultados de la maquina con un calibre.
Saludos