Ton projet est un projet sérieux qui demande de la rigueur.
Le mieux serait :
- que tu fasse un schéma de principe qui établisse clairement qui dialogue avec qui .
- que tu fasse un tableau de synthèse des valeurs d'alim acceptable par composant et les niveaux de sortie associés.
Les réponses se trouvent dans les datasheets des divers composants.
En fonction du résultat de ces deux actions il devrait être possible d'identifier les points d'achoppement et de définir les éventuels circuits d'adaptation de niveaux.
En l'état actuel des informations fournies il est difficile d'en dire plus surtout avec un tel projet qui ne peut pas s'accommoder de risques de fonctionnement aléatoire.
Nota 1:
Je partage l'avis d'al1fch : le due est trop récent, dans le genre de projet que tu entreprend il faut jouer la sécurité.
Nota 2
Coté des bibliothèques Arduino celles du DUE sont toujours en débogage.
Pour plus d'information il existe un sous forum dédié au DUE dans la partie anglophone du de ce forum.