Então, o que tu pretendes é uma página web que liga/desliga uma luz com o Arduino, é isso?
Se não me engano com javascript é mais complexo porque não tem sockets (posso estar enganado). No java, crias uma socket, ligas ao Arduino, e envias um comando.
Algo que complica as coisas é se o site estiver acessível fora do teu domínio, isto é, se criares um site num servidor e pretendas que eu, do outro lado do oceano, o aceda e ligue o Arduino vai ser mais complicado uma vez que o Arduino também terá de estar ligado à internet com um IP que se saiba.
Se por outro lado, usares PHP, isso não se colocará uma vez que o servidor estará na mesma rede que o Arduino. Estás a ver a diferença? O PHP é server side scripting, o Java ou Javascript é client side. Logo adiciona uma camada de complicação. Claro que, se for para aceder tudo dentro da mesma rede, isto não se coloca.
http://www.interactiondesign.se/blog/2012/03/breakout-arduino-javascript/
HTML5 é uma hipótese.