Leo, ma io sto parlando delle differenze tra i due optiboot1284 di mighty: quello che stai usando tu attualmente e quello che mi hai linkato e che ho scaricato per le mie prove; in pratica il tuo optiboot dovrebbe essere la versione aggiornata del mio attuale, ecco perché ti consigliavo di guardare le differenze.
Non ti avrei chiesto un lavoro di confronto con quello della MEGA visto che Astro ha detto che lo fornirà lui funzionante sia per 644 che per 1284. 
@ tonid: al momento ciò che siamo arrivati a fare non è niente di più dell'altro giorno, visto che io ieri, su suggerimento di Leo, ho testato due versioni precedenti di bootloader per 1284: una basata sempre sull'optiboot e l'altra basata sul vecchio bl della 2009. Astro ci ha spiegato che le problematiche derivano da tempistiche differenti tra il 328 ed i 644/1284 e di conseguenza serve un bl derivante da quello della MEGA2560 e non da quello della UNO. Ci ha promesso che ne avrebbe ricompilato una sua versione sie per 644 che per 1284 e ciò risolverà tutti i nostri problemi e ci permetterà di lavorare senza R, C e quant'altro.
Siamo in dolce e trepida attesa...... :*