Il post scriptum era per evidenziare le differenze tra le due schede, che per il tuo progetto ritengo ininfluenti.
Non consiglio mai le versioni smd, almeno nel caso della UNO (la Mega è solo così) perché in caso di guasti non è possibile cambiare facilmente il chip.
Per i sei switching hai bisogno di 6 pin PWM, devi usare quindi i pin: 3, 5, 6, 9, 10 e 11.
Non ce ne sono altri a disposizione quindi se dovrei ampliare il progetto con altri switching dovrai passare alla MEGA che supporta 13 pin PWM.