menniti:
Nel secondo caso lo sketch "danneggia" il bootloader ed infatti lo usiamo solo per circuiti in stand-alone; ma se inviamo uno sketch ad un micro tramite ArduinoISP il micro non prende i fuse della board settata, ma succedono cose disparate. Tutto qui.
Guarda che la spiegazione è in quello che ho postato prima, se programmi il bootloader da IDE, non importa se 0022 o 1.0, vengono inviati anche i comandi per i fuse, se programmi solo sketch non vengono inviati i comandi per i fuse, se vuoi modificarli devi aggiungere alla riga di comando di avrdude i necessari comandi, e sono validi per tutti i modelli di AVR e non solo per alcuni.