Buenas!
Hace poco me dispuse a programar mi Arduino Mega 2560 con Ubuntu.
Hasta ahora lo había hecho con windows y no había tenido ningún problema, pero al parecer Ubuntu es más quisquilloso con las comunicaciones 
El problema es que el firmware que lleva el chip que controla la comunicación serie del Mega 2560 (hablamos del Atmega8u2), no funciona bien con Ubuntu, así que hay que flashearlo para poder conectar nuestra placa al entorno de programación "Arduino 0022".
Para este caso existen desde hace tiempo, algunos tutoriales donde explican los pasos para flashear este chip.
La particularidad de mi placa es que es una "Arduino Mega 2560 R2", y para esta no he encontrado nada de documentación. Ni tutoriales, documentación, esquemas... nada de nada. Así que he escrito una pequenya guía donde explico los pasos que he dado para flashear mi placa.
Aquí os dejo el tutorial: Día 1 del cuaderno de Bitácora | garden explorer
Espero que os sirva de ayuda.
Un saludo!