Non è che nelle varie prove che hai fatto hai modificato i fuse ed adesso si aspetta un oscillatore esterno?
Leggi a pag. 5 nella sezione "AVR Clock Fuse Settings" --> http://www.digilentinc.com/Data/Products/MINICON/Minicon_rm.pdf
If the clock source fuses are set to select a clock source that doesn’t exist on the board, the SPI controller won’t work and it will no longer be possible to program the microcontroller via the insystem programming protocol. The Minicon can only use of the internal RC oscillator as the clock source.