iyahdub,
Fique tranquilo, pois não levei a mal. O exemplo que colocaste mostra sim uma das situações de devemos nos atentar, e que pode ser contornada com a mudança do código fonte.
A pergunta foi genérica mesmo, mas a intenção era saber se alguém mais lembrava de algo a se preocupar além do acima.
Mas esta claro que deve-se ficar atento para todas as exigências do shield e buscar referências no hardware.
Estava a ver um shield ISP ArduinoISP | Arduino Tips, Tricks, and Techniques | Adafruit Learning System, este não pode ser conectado ao mega, por causa do endereçamento dos pinos:
// pin name: not-mega: mega(1280 and 2560)
// slave reset: 10: 53
// MOSI: 11: 51
// MISO: 12: 50
// SCK: 13: 52
Esse é um caso que se pode contornar apenas com o uso de fios a conectar os pinos certos.
Creio que não há mais nada a acrescentar, né?