J'ai pas tout lu en détail ce que tu as expliqué mais ce que j'en ai lu a été suffisant pour voir que tu sortais du cadre de l'univers arduino.
Dans ces conditions je pense qu'il est inutile de t'embêter avec un UNO configuré en programmeur ni même de travailler avec des bootloader pour les micros.
La solution la plus souple c'est de passer par la programmation IN SITU et pour cela d'acheter un programmeur ISP (<10€ sur Ebay).
Tu pourra jouer comme tu le veux avec les fréquences d'horloges en jouant sur les fuses.
La solution UNO en programmeur tiens plutôt du gadjet commercial : Arduino préfère que tu achètes une autre carte plutôt que tu achètes un programmeur ailleurs.
Mais pour cela il faudra apprendre a se servir d'averdude en ligne de commande et lire (et sûrement relire) la datasheet du micro car on ne peut quand même pas faire tout ce que l'on veut.
Tu pars d'un projet existant le plus important pour toi sera de bien comprendre ce que les auteurs du projet ont fait.