Also ich kann mich meinen Vorrednern nur Anschließen,
im wesentlichen wird ja auch "Arduinoseitig" nicht viel gemacht,
die IDE nimmt dein Sourcecode, packt da ein paar Bibliotheken rein, macht ein paar Ersetzungen und speichert es als C file.
Danach wird mit dem compiler dein code behandelt, als wäre es jeder andere c code.
Klar, manchmal denkt man sich "hallo?" wenn die IDE dinge nicht abfängt ( beispiel: byte test[2]; sprintf(test,"haha viel mehr als du denkst"); ) aber davon abgesehen erleichtert es viele dinge ( int einfach=digitalread(1); ) ... buggy in dem Sinne ist der AtMega im Arduino mit sicherheit nicht mehr oder weniger als jeder andere in C programmierte AtMega.
Wie sieht dein Problem aus?